Des vallées dispersées à un royaume unifié.
Vers 1500 avant Jésus-Christ, les peuples de cette terre vivaient de l'élevage de troupeaux — moutons, chèvres, yaks principalement. Le bouddhisme fut introduit au 7ème siècle, et au 8ème siècle, le maître indien Padmasambhava s'efforça de le répandre plus largement ; depuis cette époque, cette philosophie est devenue partie intégrante de la culture bhoutanaise.
Pendant des siècles cependant, les multiples ethnies composant la population des différentes vallées restèrent farouchement opposées les unes aux autres. C'est Ngawang Namgyal qui organisa le pays entre le spirituel et le séculaire — le Zhabdrung (« aux pieds duquel on se soumet ») fut le leader spirituel, tandis que le Desi (chef temporel) dirigeait l'administration.
En 1627, deux jésuites portugais furent les premiers Européens à visiter le Bhoutan. Après une période d'instabilité politique au 18ème siècle, le Bhoutan signa un traité d'indépendance avec l'Empire britannique en 1774, puis le traité de Sinchula en 1865, cédant une bande de terres fertiles mais assurant son indépendance vis-à-vis de l'empire.